Los cultivos son susceptibles a plagas y enfermedades debido a la presión de la intensidad del cultivo y a factores climáticos, por eso no es factible usar un sistema productivo sin agroquímicos en todos los cultivos ni en todas las regiones.

Hay que tratar de tener plantas que sean capaces de repeler o soportar plagas y enfermedades por sí solas. La agricultura ecológica enfrenta estos problemas a través de técnicas de cultivo que no alteren el medio en que se desarrollan. Una estrategia sostenible para controlar las plagas se basa en restablecer el equilibrio ecológico del ecosistema donde crecen los cultivos:

Suelos sanos, está demostrado que el humus tiene un efecto positivo en la resistencia de larvas y otros patógenos del suelo, porque incrementa la actividad microbiana, produce antibióticos y enzimas.

Enemigos naturales, se usan en la agricultura ecológica. Así regulan poblaciones de patógenos sin incurrir en daño económico. Es importante la recuperación y el funcionamiento de los procesos naturales que incrementan la capacidad productiva del suelo y el equilibrio entre planta-plaga-biorregulador.

El control biológico necesita condiciones especiales de servicios y conocimientos: introducción de nuevas especies de enemigos naturales en un área que no sea nativa para ellos, liberación o reintroducción periódica de enemigos naturales para reforzar la actividad predadora o parasítica, liberación de hongos, bacterias o virus que controlen determinados insectos. Para los cultivos perennes es común combinar diferentes métodos: poda sanitaria, trampas, productos biológicos, usar variedades resistentes o tolerantes.

La preservación de enemigos naturales de las plagas constituyen la principal arma en las estrategias para su manejo en el cultivo.

Link Sistemas de producción de plantas de cítricos libres de enfermedades (FAO)